فصل سیزدهم برای استقلال با هدایت امیر قلعه‌نویی سرشار از خاطرات تلخ و شیرین بود.
به گزارش «شایانیوز» به نقل از ورزش سه؛ آبی‌ها تابستان ۱۳۹۲ را با خرید ستارگانی همچون آندرانیک تیموریان و پژمان نوری و تمدید با مهره‌های اصلی یعنی جواد نکونام، هاشم بیک‌زاده، حنیف عمران‌زاده، مهدی رحمتی و فرهاد مجیدی آغاز کردند.
در بین همه مهره‌های ملی پوش و سرشناس استقلال در آن فصل، سیدحسین حسینی با شماره ۲۱ و به عنوان جانشین مهدی رحمتی در تمام مسابقات استقلال در طول فصل روی نیمکت حضور داشت.
کاپیتان امروز آبی‌ها، آن زمان همانند شماره پیراهنش تنها ۲۱ سال سن داشت و به لطف درخشش مهدی رحمتی در قفس توری استقلال، فرصت چندانی برای نمایش انگیزه بالای خود پیدا نمی‌کرد تا اینکه سرانجام در چارچوب مرحله یک شانزدهم نهایی جام حذفی و دیدار استقلال مقابل کاسپین قزوین در ورزشگاه آزادی، سیدحسین جوان فرصت ثبت اولین بازی در چارچوب دروازه مدافع عنوان قهرمانی را به دست آورد.
سیدحسین آن بازی را با ثبت چند سیو خوب و اولین کلین‌شیت به پایان رساند تا استقلال در نهایت با تک گل مهرداد اولادی فقید، با نتیجه ۱-۰ مقابل حریف دسته دومی خود برنده شود و به مرحله یک هشتم نهایی صعود کند. دیداری که در تاریخ ۱۹ آذر ماه ۱۳۹۲ برگزار شد و جالب آنکه در کنار حسینی، جواد نکونام سرمربی سابق آبی‌ها و همچنین مرحوم مجید غلام‌نژاد نیز در زمین حضور داشتند.
البته که حسینی در آن فصل تنها در دو بازی فرصت حضور در چارچوب دروازه استقلال را پیدا کرد که علاوه بر مصاف با کاسپین، در دیدار تشریفاتی استقلال مقابل الریان در هفته پایانی لیگ قهرمانان آسیا نیز در زمین حاضر شد.
دروازه‌بان ملی پوش استقلال در پایان آن فصل به منظور گذراندن خدمت سربازی راهی ملوان شد و بعد از دو فصل حضور در بندرانزلی، در تابستان ۱۳۹۵ بار دیگر به استقلال برگشت تا اولین بازی لیگ برتری خود با پیراهن آبی را در هفته اول لیگ شانزدهم تجربه کند.
